atomに一度開いたフォルダのウィンドウサイズやツリーのサイズは記憶してくれますが、新しく開いた場合サイズをいちいち調節しなくてはなりません。その作業が煩雑なため、自分の好きなデフォルト値で固定できないか調べました。

ウィンドウサイズ

ウィンドウサイズの指定は、atomメニューのInit Script...を選択して自分の設定を書き加えます。単位はピクセルっぽいです。 atomの新しいウィンドウを開くときにこのサイズになるということなので、開いた後でも調整は可能です。

init.coffee

atom.setSize(900, 800)

ツリーの幅

左に表示されるプロジェクトフォルダーのツリーの幅を固定するには、atomメニューのStyles...を選択して自分の設定を書き加えます。
atom-panel-containerのleftクラスでプロジェクトツリーの幅を決められるみたいです。max-widthを指定して上限値を設定することで調節しています。（これをやってる記事を見かけないので自分でDeveloperモードからhtmlのソースを読んで見つけた方法ですが、より良い方法があれば教えてください。）
後の.atom-dock-resize-handle.left.atom-dock-resize-handle-resizableというのはツリーパネルの幅を調整するものですが、すでにmax-widthを指定しているので狭くしか調整できません。いらないので0pxにして調整できなくしました。こちらはお好みでどうぞ。

styles.less

atom-panel-container .left {
    max-width: 100px !important;
}
.atom-dock-resize-handle.left.atom-dock-resize-handle-resizable {
    width: 0px;
}

参照
Atom doesn't remember the window size