バージョン

　.NET Framework 3.7.2
　Visual Studio Community 2015

再現手順

Windowsフォームアプリケーションのプロジェクトを作ってDataGridViewを配置する。
デザイナ上のDataGridViewの編集有効チェックを外れにする。
デザイナ上でチェックボックスやテキストボックスの列を追加する。
ビルドする。(これは関係あるかは不明。)
デザイナ上のDataGridViewの編集有効チェックを入りにする。
Formのコンストラクタ等に適当に行を追加する処理を入れる。
ビルドして実行する。
編集有効設定にも関わらず、編集できない。
DataGridViewや各列のReadOnlyプロパティもプロパティウィンドウ上ではFalseになっている。

対処方法

いろいろ方法はあると思う。
自分がやったのは、改めて列を追加し直した。(一旦列を消す。)
DataGridViewを配置し直しても対処できると思う。
うろ覚えだが、見た目FalseになってるReadOnlyプロパティを一旦Trueにして保存し、またFalseに戻して更新させる方法でも対処できたような気もする。