babel6系でコンパイルするとinstanceofが正しく効かない

class CustomError extends Error {};

console.log(new CustomError() instanceof Error);       // true
console.log(new CustomError() instanceof CustomError); // false!!!

原因

英語ダメなので詳しく読めてないですが、6系のバグの様です。
https://github.com/babel/babel/issues/3083

回避方法

1.prototype上書き

class CustomError extends Error {};
CustomError.prototype = Error.prototype; // ここ！

console.log(new CustomError() instanceof Error);       // true
console.log(new CustomError() instanceof CustomError); // true♪

※色々試してみたのですが、なぜこれで直るのかまでは追えませんでした、、、教えて偉い人！

2.プラグインを入れる

babel-plugin-transform-builtin-extend
.babelrc

{
    "plugins": [
        ["babel-plugin-transform-builtin-extend", {
            globals: ["Error", "Array"]
        }]
    ]
}

まとめ

babel6系で、extendsしたクラスにinstanceofをかけても正しく動かない
上記の回避方法を2つ紹介
個人的には方法1で対象のissueのリンクを貼るのを採用

参考リンク

対象のissue
MDN instanceof
図で理解するJavaScriptのプロトタイプチェーン
prototypeと__proto__

余談

babelのバグなので、chromeで直接実行すると意図通りに動くことを確認できます。