DjangoとかJekyllとかHTMLの仕様とかよくわかってない初心者です。

成功した時のメモ

素直にこの記事に従った。

Github PagesのSourceディレクトリに_config.ymlを作成してthemeを設定（リポジトリの設定からPagesを有効化してテーマを選ぶと自動で作成・設定される）。
Github PagesのSourceディレクトリに_includes/mathjax-v3.htmlを作成（中身は上記記事をコピペ）。
Github PagesのSourceディレクトリに_layouts/default.htmlを作成（1.で選んだテーマのリポジトリの_layouts/default.htmlをコピペしてくる）。
_layouts/default.html内の</head>の手前でmathjax-v3.htmlをインクルード。

_layouts/default.html

<!DOCTYPE html>
<html lang="{{ site.lang | default: "en-US" }}">
  <head>
    <meta charset="UTF-8">
    ~ 省略 ~
  {% seo %}
    {% include head-custom.html %}
    {% include mathjax-v3.html %} <!-- これを追加 -->
  </head>
  <body>
    <a id= ~

Githubのリポジトリにpushして「pages build and deployment」が完了したら反映される。（1～2分）

失敗した時のメモ

MathJaxの有効化に失敗した

テーマのリポジトリの中を見ていたら、
_includes/下にhead-custom.htmlがあり、それを_layouts/default.htmlでインクルードしているようだった。
_includes/head-custom.htmlは同じ_includes/下のhtmlファイルをインクルードしていた。

「じゃあ、_includes/head-custom.htmlと_includes/mathjax-v3.htmlを作って、
　_includes/head-custom.htmlの中でmathjax-v3.htmlをインクルードすればいいのでは？」
と考えたが、やってみたらダメでした。

インクルードされるタイミングの問題なのか、スコープ的な問題なのかよくわかってません。
詳しい人コメントください。

数式がテーブルになってしまった

Markdown内の数式で|（絶対値のカッコ）を使ったらテーブルとして認識されてしまった。（テーマによるかも）
\vertを使えば問題ない。

$ a | b | c $ $ a | b | c $
$ d \vert e \vert f $ $ d \vert e \vert f $

数式内の`_`が強調表示扱いになる

Github PagesではなくGithub側に原因がある(?)
$a^{b}_{c}$ のような表現が1行中に複数あると、_の後ろが斜体となり数式にならない場合がある。
参考リンク

次のいずれかの条件を満たすと回避できる。

$a_{c}^{b}$ のように下付き文字を先に書くとこの問題は発生しない。（これが一番確実）
必要がなければ下付き文字を{}で囲わない $a^{b}_c$
_と{}の間にスペースを入れる $a^{b}_ {c}$