Pheatmapクラスタリング

Rのpheatmapを用いた階層型クラスタリングのスクリプト
いつも忘れてしまうので備忘録として。

library(pheatmap)

ph <- pheatmap(mat, 
               cluster_cols = TRUE,
               cluster_rows = FALSE,
               show_colnames = FALSE,
               clustering_method = "ward.D")

#クラスタリング数を変える
clusters <- data.frame(x =matrix(nrow = ncol(data.frame(mat)), ncol = 1))
for(i in 2:7){
  tmp <- cutree(ph$tree_col, k = i)
  clusters <- cbind(clusters, tmp)
}
clusters$x <- NULL
colnames(clusters) <- paste0("ph_", 2:7)

#各グループ内をfactor型に変換する
for(i in 1:ncol(clusters)){
  clusters[,i] <- as.factor(clusters[,i])
}

#得られたクラスターをアノテーションとして可視化
ph <- pheatmap(mat, 
               cluster_cols = TRUE,
               cluster_rows = FALSE,
               show_colnames = FALSE,
               clustering_method = "ward.D",
               annotation_col = clusters
               )

覚えてしまいたいところ、、