使っていたEclipseを2020-03から2020-06にアップデートしたら部分的に文字化けが発生したので、その原因と対処法をまとめておく。
症状は下記URLに同じ。入力した日本語のコメント等の一部が□で囲った?マークになってしまう。
文字コードが原因ではない。
https://qiita.com/segur/items/60b3711c0c9207d23b2f
上記URLに書いてあるようにフォントを日本語対応のものに変えれば解決はするが、日本語のよい等幅フォントを探す手間がかかるし、デフォルトフォントのConsolasが気に入っている人にとっては苦しい。
調べてみると、この不具合は2018年辺りから確認されていたが、2019-12で一度解消されていたものらしい。
https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=536562
しかし、2020-06のアップデートで再発してしまったと考えられる。（2020-06-30時点で上記URLに既に報告もあった）
そこで、2020-03に戻せば文字化けはなくなると考え、ダウングレードすることにした。
下記URLを参考にした。
https://stackoverflow.com/questions/28030294/how-to-downgrade-my-eclipse-luna-to-eclipse-kepler
Pleiadesで日本語化していた場合、
ヘルプ -> Eclipse IDEについて
-> インストール詳細
-> インストールヒストリー
で、アップデート前の日付（なるべく直近がよいと思われる）を選び、下部にある「前回保存した状態に戻す」を選択することでダウングレードができた。
結果、コメント等の一部が□で囲った?マークになってしまう現象は起きなくなった。
今後のアップデートでバグが解消される可能性もあるが、いつ解消されるかは分からないので、既に2020-06にアップデートしてしまい、フォントを変えたくない人は試してみてよい方法だと思う。