よくこのミスを犯して少し考えるので忘備録としてまとめておきます。
したいこと
Xibファイルとカスタムセルを使って画像・ラベル等を表示させる
*レイアウトイメージ
問題
オートレイアウトを設定していてもレイアウトが崩れてしまう
*実際に表示された結果
原因
今回カスタムセルのクラス名を"CustomCell"としたが
Xibファイルを開いてAttributes inspectorのclassの値を確認すると、これがUITableViewCellのクラスの値だけでなくContentViewのクラスにも設定されていた。
なのでContentViewのクラスの値を空にして再度runさせたところ問題なく表示された。