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NGS解析のための環境設定

Last updated at 2021-09-14Posted at 2021-09-14

まずは環境を整える。

SRAファイルとは？

SRAファイルとは、
NCBI SRAから持ってくることが多い。

Homebrewのインストール
/bin/bash -c "$(curl -fsSL　https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)"

Homebrewとは、ーーーーーーーー

NCBIのSRAファイルをダウンロードする。

SRAtoolkitとは、SRAファイルを色々扱えるやつである。
homebrewに移動
この作業はhomebrewの場所が変更されたらしいので必要
https://qiita.com/epsilonminder/items/e3b1fc00edb63cb3a32b

$brew tap brewsci/bio
SRAtoolkitをインストール　
$brew install sratoolkit　

HISAT2はマッピングソフトの1種である。
HISAT2をインストール
$brew install hisat2　