環境
- Red Hat Enterprise Linux Server release 6.3 (Santiago)
- GlassFish Server Open Source Edition 4.1 (build 13)

GlassFishに繋がらないのでsever.logをみたらなんか言われていた

server.log

[2020-05-29T17:42:42.076+0900] [glassfish 4.1] [SEVERE] [] [] [tid: _ThreadID=65 _ThreadName=Thread-9] [timeMillis: 1590741762076] [levelValue: 1000] [[
  java.lang.RuntimeException: Port 8686 is not available for the internal rmi registry. This means that a call was made with the same port, without closing earlier registry instance. This has to do with the system jmx connector configuration in admin-service element of the configuration associated with this instance
        at org.glassfish.admin.mbeanserver.RMIConnectorStarter._startRegistry(RMIConnectorStarter.java:257)
        at org.glassfish.admin.mbeanserver.RMIConnectorStarter.startRegistry(RMIConnectorStarter.java:235)
        at org.glassfish.admin.mbeanserver.RMIConnectorStarter.<init>(RMIConnectorStarter.java:169)
        at org.glassfish.admin.mbeanserver.JMXStartupService$JMXConnectorsStarterThread.startConnector(JMXStartupService.java:310)
        at org.glassfish.admin.mbeanserver.JMXStartupService$JMXConnectorsStarterThread.run(JMXStartupService.java:350)]]

原因 : 生き残っている余計なGlassFishがいるから

# ポート8686をGlassFishに設定している
$ grep 8686 /path/to/glassfish4/glassfish/domains/domain1/config/domain.xml
        <jmx-connector port="8686" address="0.0.0.0" auth-realm-name="admin-realm" name="system">

# ポート8686が使われているか見てみる
$ netstat -a -o -n | grep 8686
tcp        0      0 :::8686                     :::*                        LISTEN      off (0.00/0/0)

# GlassFishを停止してみる
$ sudo /etc/init.d/glassfish stop
[sudo] password for ponsuke:
Shutting down glassfish-domain1: Waiting for the domain to stop .
Command stop-domain executed successfully.
                                                           [  OK  ]

# 停止したのにまだ使われている
$ netstat -a -o -n | grep 8686
tcp        0      0 :::8686                     :::*                        LISTEN      off (0.00/0/0)

# ポート8686を使っているプロセスを調べる(sudoしないと他のユーザーのプロセスがみれない)
$ lsof -i:8686
$ sudo lsof -i:8686
[sudo] password for ponsuke:
COMMAND  PID USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME
java    1219 root  406u  IPv6   9990      0t0  TCP *:sun-as-jmxrmi (LISTEN)

# プロセスIDからプロセスを確認するとやっぱり犯人は生き残ったGlassFishだった
$ ps aux | grep 1219
root      1219  4.8  6.5 3675320 489828 ?      Sl   17:41   1:04 /usr/java/default/bin/java -cp /path/to/glassfish4/glassfish/modules/glassfish.jar....

対応 : 生き残っているGlassFishを殺して、generatedディレクトリ配下を削除する

WindowsのEclipseでやった時と同じようなことをする。

生き残っているGlassFishを殺す
generatedディレクトリ配下を削除する
GlassFishを再起動する

# 生き残っているGlassFishを殺す
$ sudo kill 1219

# generatedディレクトリ配下を削除する
$ sudo rm -rf /path/to/glassfish4/glassfish/domains/domain1/generated/*

# GlassFishを再起動する
$ sudo /etc/init.d/glassfish start
Starting glassfish-domain1: Bad Network Configuration.  DNS can not resolve the hostname:
java.net.UnknownHostException: localhost.localhost: localhost.localhost: ホスト名に対応するアドレスがありません
Waiting for domain1 to start .........................................
Successfully started the domain : domain1
domain  Location: /path/to/glassfish4/glassfish/domains/domain1
Log File: /path/to/glassfish4/glassfish/domains/domain1/logs/server.log
Admin Port: 4848
Command start-domain executed successfully.
                                                           [  OK  ]