環境
- OS : macOS Sierra Version 10.12.4
- Eclipse : Neon.3 Release (4.6.3)
- Java : 1.8.0_45

Eclipseでプロジェクトをインポートしてクリーンしたら怒られました。

Could not save master table to file '{ワークスペースの場所}/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.safetable/org.eclipse.core.resources'.
{ワークスペースの場所}/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.safetable/org.eclipse.core.resources (No such file or directory)

なんか保存できないらしいです。
怒られたディレクトリを見てみると確かに無いです。

$ open {ワークスペースの場所}/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.safetable
The file {ワークスペースの場所}/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.safetable does not exist.

「ディレクトリがないからファイルを保存できません」と怒られているっぽいです。
ググってみると・・・英語でよくわからないのですが・・・。

My .safetable file was missing, so I just created it and problem solved.
"eclipse Could not save master table to file" - Ask Ub

自分で作る？

I created the folder "External Files" and it worked fine. In a few minutes the files ".markers.snap" and ".syncinfo.snap" appeared in this folder and the message didn´t appear any more.
Eclipse: "'Periodic workspace save.' has encountered a pro‍blem." - Stack Overflow

なけりゃ自分で作る？

保存先のディレクトリを作ります。

$ mkdir {ワークスペースの場所}/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.safetable

プロジェクトをクリーンします。

エラーが出なくなりました。

ファイルが保存されました。

作ったディレクトリに「保存できない」と怒られたファイルが保存されていました。

ディレクトリ無ければEclipseが作ってくれてよかったのに・・・