vagrantを利用してOpenClinica環境を作成する

資料は下記の通り

インストールガイド
翻訳ファイル
OpenClinica本体
OpenClinica 3.xxをダウンロードする
PostgreSQLについては、boxからダウンロードする
ダウンロードしたファイルは、../shared/oc に置いてある前提で作成してあります

OpenClinicaをセットアップするVagarantFileを用意

Vagrantfile

# -*- mode: ruby -*-
# vi: set ft=ruby :


# All Vagrant configuration is done below. The "2" in Vagrant.configure
# configures the configuration version (we support older styles for
# backwards compatibility). Please don't change it unless you know what
# you're doing.
Vagrant.configure(2) do |config|

#登録されているボックスを利用(CentOS7)
  config.vm.box = "centos7min/org"

#IPやポートフォワードの設定
config.vm.network "forwarded_port", guest: 80, host: 50517, id:"http"
config.vm.network "forwarded_port", guest: 8080, host: 50518, id:"tomcat"
config.vm.network "forwarded_port", guest: 5432, host: 52432, id:"postgres"
config.vm.network "private_network", ip: "192.168.33.19"

#共有フォルダの設定
##このsharedフォルダにインストール媒体を用意しておく
###OpenClinica本体とpostgresqlが必要
config.vm.synced_folder "../shared", "/vagrants"

##環境構築
config.vm.provision "shell", inline: <<-SHELL

yum -y install yum-plugin-priorities unzip

#日本語化
yum -y install ImageMagick ImageMagick-devel ipa-pgothic-fonts ibus-kkc vlgothic-*
localectl set-locale LANG=ja_JP.UTF-8
source /etc/locale.conf 
timedatectl set-timezone Asia/Tokyo

#gitのインストール
yum -y install git

#firewalldで8080を許可
firewall-cmd  --add-port=8080/tcp --permanent
firewall-cmd --reload

#OpenClinica準備
#インストール媒体のコピー
mkdir -p /usr/local/oc/install
cd /usr/local/oc/install
cp -rp /vagrants/oc/* ./

echo javaのインストール
wget --no-check-certificate --no-cookies --header "Cookie: oraclelicense=accept-securebackup-cookie" http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/7u51-b13/jdk-7u51-linux-x64.rpm
rpm -Uvh jdk-7u51-linux-x64.rpm
alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.7.0_51/jre/bin/java 1

echo tomcatのインストール
yum -y install tomcat*
systemctl enable tomcat
systemctl start tomcat
chown -R tomcat /var/cache/tomcat

echo 'OpenClinicaの配置''
cd /usr/local/oc/install
unzip OpenClinica*.zip
cd OpenClinica*/distribution
mv OpenClinica.war OpenClinica.zip
unzip OpenClinica.zip -d OpenClinica
mkdir /usr/share/tomcat/webapps/OpenClinica
cp -rf OpenClinica/* /usr/share/tomcat/webapps/OpenClinica/
echo '日本語ファイルの配置'
cd /usr/local/oc/install
mkdir i18n
cd i18n
wget https://github.com/OpenClinica/I18N_files/archive/master.zip
unzip master.zip
cp -p I18N_files-master/Japanese/* /usr/share/tomcat/webapps/OpenClinica/WEB-INF/classes/org/akaza/openclinica/i18n/
chown -R tomcat:tomcat /usr/share/tomcat/webapps/
echo '標準フォントの変更'
cd /usr/share/tomcat/webapps/OpenClinica/includes
cp -rp /usr/local/oc/install/font ./
cat /usr/local/oc/install/addcss.css >> styles.css
echo ""
alternatives --set java /usr/java/jdk1.7.0_51/jre/bin/java
java -version

echo ""

printenv
echo ""
echo "環境変数の設定"

echo export JAVA_HOME=/usr/java/default >> /etc/profile
source /etc/profile
echo export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin >> /etc/profile
echo export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/lib/tools.jar >> /etc/profile
echo alias cdtom=\'cd /usr/share/tomcat\' >> /etc/profile
source /etc/profile

echo ""

echo '以下のコマンドを実行してください'
echo 'cd /usr/local/oc/install'
echo 'sudo ./postgresql-8.4.* --mode text'
echo '/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres -c "CREATE ROLE clinica LOGIN ENCRYPTED PASSWORD 'clinica' SUPERUSER NOINHERIT NOCREATEDB NOCREATEROLE"'
echo '/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres -c "CREATE DATABASE openclinica WITH ENCODING=\'UTF8\' OWNER=clinica"'
echo '/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres'
echo 'ALTER USER clinica WITH PASSWORD \'clinica\';'
echo '\q'
echo 'sudo vi /usr/share/tomcat/webapps/OpenClinica/WEB-INF/classes/datainfo.properties'
echo 'ここも見てね https://github.com/OpenClinica/OpenClinica/wiki/Install-OpenClinica-v3.6-and-higher-on-Linux#install-postgresql-database'
echo 'systemctl stop tomcat'
echo 'systemctl start tomcat'
echo 'http://127.0.0.1:50518/OpenClinica'
echo 'uname:root pass:12345678'

SHELL


end

仮想PCの起動

vagrant up

Tomcatの管理画面にログインしたい場合

以下ファイルを編集して再起動する

/usr/share/tomcat/conf/tomcat-users.xml

<role rolename="manager-gui"/>
<role rolename="admin-gui"/>
<user username="ユーザー名" password="パスワード" roles="manager-gui,admin-gui"/>

再起動

systemctl restart tomcat

TomcatとApacheを連携させる場合

Apacheのインストール

 yum -y install httpd httpd-devel
 systemctl enable httpd
 systemctl start httpd

firewalldでHTTPを許可

firewall-cmd --zone=public --add-service=http --permanent
firewall-cmd --reload

Tomcat側の設定

/usr/share/tomcat/conf/server.xml内の一部をコメントアウト

<Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1" 
       connectionTimeout="20000" 
       redirectPort="8443" />
↓
<!--
<Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1" 
       connectionTimeout="20000" 
       redirectPort="8443" />
-->

/usr/share/tomcat/conf/server.xml内の一部が有効か確認

<Connector port="8009" protocol="AJP/1.3" redirectPort="8443" />

Apache側に設定ファイルを追加

/etc/httpd/conf.modules.d/00-proxy_ajp.conf

<Location / >
  ProxyPass ajp://localhost:8009/
</Location>

TomcatとApacheの再起動

systemctl restart tomcat
systemctl restart httpd