https://qiita.com/pilot/items/8ab80d04328fd5664fae
をやる
ただし「SFDX:マニフェストファイルのソースを組織から取得」の前にpackage.xmlに以下を含めておく
package.xml
<types>
<members>*</members>
<name>Bot</name>
</types>
Salesforceで当該ボットを無効化しておいてから、VSCodeで当該ボットのv2ファイル(v1.botVersion-meta.xml)を右クリックし、「SFDX: プロジェクトおよび組織から削除」で削除する
結果、v1.botVersion-meta.xmlファイルだけが残って、バージョンがv1に戻る