結論

クエリを実行した結果、s3に想定したファイルが出力がされた
また、CLIからも実行可能

実行

以下のクエリを記載しathenaのコンソール上から実行

UNLOAD (SELECT
  hoge,
  fuga,
  piyo
FROM
  db.table) TO 's3://xxxxx/xxx/'
WITH (format = 'AVRO')

→指定のS3にavro形式でファイルが出力された

AWS CLIを利用してクエリを出力することが可能なのか？
以下のCLIを実行

aws athena start-query-execution \
    --query-string　"UNLOAD (SELECT hoge,　fuga,　piyo　FROM　db.table) TO 's3://xxxxx/xxx/' WITH (format = 'AVRO')"

結果を確認

aws athena get-query-execution --query-execution-id xxxxxxxx | jq '.QueryExecution.Status.State'
"SUCCEEDED"

→同様にs3にファイルが出力された

エラー

[ErrorCode: INTERNAL_ERROR_QUERY_ENGINE] Amazon Athena experienced an internal error while executing this query. Please contact AWS support for further assistance. You will not be charged for this query. We apologize for the inconvenience.

→オブジェクトのパスをs3://xxxxxにしていた→s3://xxxxx/xxx/でうまくいった
同じパス配下におけるクエリ結果は1つのため、定期実行の際は日付などでパスを区切る必要がある

まとめ

これで他システムのデータ連携において、様々なファイル形式で可能になった
boto3を使用しても可能か検証したい

参考