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GalaxyDay 20

Galaxyと外部Viewer連携でのデータの表示


Galaxyに登録したファイルはGalaxyの外部のViewerを利用して表示できる


外部Viewerでのデータの表示

ヒストリーペインに登録したデータファイルに適切なDatabase(データベース)を設定しておく事で外部のViewerを利用してデータを表示する事ができる

表示可能なファイルフォマットとしては、bam, bed, fasta, off, gtf, interval, vcf等


display機能の利用

ヒストリーペイン上で各データファイルのファイル名をクリックして、データの詳細を表示

下記のそれぞれのリンクをクリックする事で、各種のビューワー上でデータを確認できる大変便利な機能

ファイルのフォーマットによって利用できるViewerは異なるがヒトゲノムにマップしたBamファイルの場合は下記の4種類のViewerが利用可能

ここではhg38にマップしたbamのデータファイルを公共のGalaxyサーバー上に登録して利用している

Screen Shot 2019-01-07 at 16.52.49.png


  • "display at UCSC": UCSC Genome BrowserScreen Shot 2019-01-07 at 17.01.48.png

  • "display with IGV": IGV (手元のコンピューターにIGVをインストールして事前に起動しておく)Screen Shot 2019-01-07 at 16.59.17.png

  • "display in IGB": (手元のコンピューターにIGBをインストールして事前に起動しておく)Screen Shot 2019-01-07 at 16.58.36.png

  • "display at bam.iobio": bam.iobio.ioScreen Shot 2019-01-07 at 16.57.46.png

しかし、この機能は残念ながら手元のコンピューターのDocker上で起動したGalaxyではIGVを除いて利用できない

たとえば UCSC Genome Browserでは下記のようなエラーが発生する

Screen Shot 2019-01-07 at 17.17.42.png

外部Viewerとの連携時には、利用しているGalaxyのサーバーに外部から直接アクセスできる必要がある

Dockerを利用して起動したGalaxyサーバーに外部から直接アクセスはできないので、この機能はIGVを除いて利用できない事に留意が必要

今回はここまで:smile: