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GalaxyAdvent Calendar 2017

Day 11

Galaxyで特定の列だけ取り出してみよう

Last updated at Posted at 2017-12-10

複数のコラムがあるテーブルから必要なコラムだけを取り出すのも簡単

今回はNCBIのRefseq Geneのテーブルを利用してみる
LRG_Refseq.png
このテーブルのGeneID, Symbol, RNAのコラムを抽出したい

左のメニュー領域の"Text Manipulation"をクリックして
TextManipulation_LRG.png

"Cut Columns"をクリック
TextManipulation_cut_LRG.png

"Cut columns"のフィールドに取り出したいコラムをカンマで区切って記入
ここでは"c2,c3,c6"
TextManipulation_cut_cutcollumn_LRG.png
コラムは"c"の後に左から何番目のコラムかを数字で指定
左から2番めなら"c2"、左から3番目なら"c3"
コラムは指定した順番に並ぶので、"c3,c2"とすれば3番目のコラムが一番左で、2番めのコラムが次といった順番
GeneID, Symbol, RNAは、"c2,c3,c6"
カラムの位置がわからない時は、"History"で抽出元のファイルをクリックするとデータの概要が"History"に表示されて、各コラムが左から何番目か確認できる

"From"のドロップダウンリストで処理対象のデータを指定
TextManipulation_cut_from_LRG.png

"Execute"をクリックして実行
TextManipulation_cut_execute_LRG.png

作成されたデータを確認するため、右側の"History"で目玉アイコンをクリック
TextManipulation_cut_execute_finished_LRG.png

ちゃんと目的の行だけ切り出せている
Screen Shot 2017-12-11 at 04.38.31.png

今日はこれまで:smile:

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