Swift File

「Swift File」を作成すると下記のような記述がされたファイルが作成されます。
　※コメント部分は省略しています。

import Foundation

上記のようにこの一行だけ記述されたファイルが作成されます。

「Cocoa Touch Class」

次に「Cocoa Touch Class」はどうでしょう。
「Cocoa Touch Class」を作成する場合は作成時にSub class（継承するクラス）を指定する必要があります。
ここではUITableViewControllerを指定しています。
　※ここでもコメント部分は省略しています。

import UIKit

class TableViewController: UITableViewController {

    override func viewDidLoad() {
        super.viewDidLoad()
    }
    override func numberOfSections(in tableView: UITableView) -> Int {
        return 0
    }
    override func tableView(_ tableView: UITableView, numberOfRowsInSection section: Int) -> Int {
        return 0
    }
}

上記の場合はUITableViewControllerを継承したので、必須なメソッドであるnumberOfSectionsとnumberOfRowsInSectionを元から記述してくれているということですね。

まとめ

「Swift File」は何も記述されていない白紙のファイルを作成したい時、「Cocoa Touch Class」は用途に応じて、継承させたいクラスがある時に使うというような解釈でいいと思います。

ここ違うよ！という場所などがありましたら、ご指摘いただければと思います。