コード

<?php
$query_data = [
    ['id'=> 1,'name'=>'イシツブテ','habitat'=>'渓谷,洞窟']
    ,['id'=> 2,'name'=>'イワーク','habitat'=>'砂漠,鉱山']
    ,['id'=> 3,'name'=>'ウソッキー','habitat'=>'鉱山,地中']
    ,['id'=> 4,'name'=>'ハガネール','habitat'=>'丘陵,窪地']
    ,['id'=> 5,'name'=>'サイドン','habitat'=>'渓谷,丘陵']
];


function searchValueInArray($query_data, $value) {
    $keys = [];
    foreach ($query_data as $key => $item) {
        $elements = explode(',', $item['habitat']);
        if (in_array($value, $elements)) {
            $keys[] = $key;
        }
    }
    return $keys;
}


// 検索したい値
$searchValue = "丘陵";

// 関数を呼び出す
$keys = searchValueInArray($query_data, $searchValue);

if (!empty($keys)) {
    echo "【{$searchValue}】が生息地のポケモンが見つかったよ。レコード番号は【" . implode(', ', $keys).'】です';
} else {
    echo "【{$searchValue}】が生息地のポケモンはいなかったよ";
}

結果

【丘陵】が生息地のポケモンが見つかったよ。レコード番号は【3, 4】です