Azure アプリケーションのJVM にタイムゾーンを設定する

Tomcat に設定をするのではなくて、アプリケーションの設定で可能。

[Configuration] - [Application Settings] にて [+ New Application setting] として
WEBSITE_TIME_ZONE = Tokyo Standard Time
を設定する。

値は以下と同じものを設定できるのかな？と思います。
https://support.microsoft.com/en-us/help/973627/microsoft-time-zone-index-values

以上。