もしかしてyabaiを使っていませんか？
私の環境では，yabaiを停止したところ何の問題も起きなくなりました．
ちなみに，focus follow mouse機能を使用したいだけの場合，AutoRaiseが使えます．
今の所，このアプリの使用中にpdfを開いても何も問題が起きません．
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