環境: Debian 10 (native/WSL), Python 3.8

普段 scipy を pip でインストールするときにソースビルドして Intel-MKL とリンクしていたのですが, scipy 1.4 からビルドに失敗するようになりました. なんでかなと思ったら, この issue で述べられているように, scipy 1.4 から pybind11 が必要になったからでした. なのでアップグレード前にインストールします.

$ pip3 install pybind11
$ pip3 install --upgrade --no-binary :all: scipy

これでできました.

$ pip3 freeze | grep scipy
scipy==1.4.1

その他の要求については公式のドキュメントを参照してください.