結論だけ先に書く

全部消してビルドし直したら復活した

以下コマンド
$ docker-compose down --rmi all --volumes --remove-orphans
引用元

突然MySQLが死んだ。

唐突に起動しなくなったMySQL。
一体どうしたんだろうと思いエラーログを見た所、怪しい所が以下

2021-10-12T02:03:46.471647Z 0 [ERROR] InnoDB: Write to file ./ibtmp1failed at offset 0, 1048576 bytes should have been written, only 0 were written. Operating system error number 28. Check that your OS and file system support files of this size. Check also that the disk is not full or a disk quota exceeded.
2021-10-12T02:03:46.471659Z 0 [ERROR] InnoDB: Error number 28 means 'No space left on device'
2021-10-12T02:03:46.471664Z 0 [Note] InnoDB: Some operating system error numbers are described at http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/operating-system-error-codes.html
2021-10-12T02:03:46.471668Z 0 [ERROR] InnoDB: Could not set the file size of './ibtmp1'. Probably out of disk space
2021-10-12T02:03:46.471674Z 0 [ERROR] InnoDB: Unable to create the shared innodb_temporary
2021-10-12T02:03:46.471682Z 0 [ERROR] InnoDB: Plugin initialization aborted with error Generic error

どうも容量が足りないらしい。

Volumeを削除しちゃえば良いんだと考え以下を実行
$ docker volume rm $(docker volume ls -qf dangling=true)
その後いつもどおり compose up

###まだ生き返らない
エラー内容が変わったけど生き返らない
どうなってるんだ。。。

2021-10-12T02:44:44.484525Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2021-10-12T02:44:44.485530Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.
2021-10-12T02:44:44.485589Z 0 [ERROR] Aborting

この記事にたどり着いたので従ってみる。

$ docker ps -a
$ docker rm [コンテナID]
$ docker-compose build
$ docker-compose up -d

###まだ生き返らない。。。
もうどれが原因かわからないので全消ししてビルドし直してみる。
$ docker-compose down --rmi all --volumes --remove-orphans
引用元

なおった。
よくわからない。。。