ghostscript

gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=output.pdf input1.pdf input2.pdf ...

でいける。

convert

convert input*.pdf output.pdf

pdftk

pdftkとは、pdfを編集するコマンドラインツール。結合だけじゃなく、分割や透かし入れたり色々出来る。こことかこことかに詳しい。
Homebrewで入れるには

$  brew search pdftk
No formula found for "pdftk".
==> Searching pull requests...
Closed pull requests:
pdftk: 2.02 - a Handy Tool for Manipulating PDF Documents (https://github.com/Homebrew/homebrew/pull/25953)

ということなので、

$  brew pull https://github.com/Homebrew/homebrew/pull/25953
######################################################################## 100.0%
==> Applying patch
Applying: pdftk: 2.02 - a Handy Tool for Manipulating PDF Documents
==> Patch closes issue #25953
==> Patch changed:
 Library/Formula/pdftk.rb | 27 +++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 27 insertions(+)

で、searchできるようになる。

$  brew search pdftk
pdftk
$ brew install pdftk

結合するときは

$ pdftk input1.pdf input2.pdf input3.pdf cat output out.pdf

catで結合
output filenameで出力するファイル名