まだベータ版にすらなっていないUbuntu17.04にアップグレードしてしまいました。
つまりはyakketyからzestyにしたわけですね。もちろんapt（apt-get）がアップグレードするときに、Ubuntuのサーバーから17.04用のソフトしかダウンロードしない。なのにもちろんベータ版だからソフトなんてひとつもない。なので一切ソフト（パッケージ）のinstall,update,upgradeができなくなってしまったわけです。なのでそれをなんとか直しました。
ようするに、取ってくるソフトの情報をすべて16のものにしてあげればいいのです。
aptのリポジトリ（サーバーの設定）ファイルは、/etc/apt/sources.listにおいてあるので、そこの中の"zesty"と書いてある部分をすべて"yakkety"に直しました、それだけです。これで治りました。
何か不具合というか注意書きですが、GUIソフトの"ソフトウェアとアップデート"の中のチェックボックスはすべてはずしておいてください、なぜなら、こいつらはzestyサーバーにつなげるの用の設定だからです。ちゃんと、yakkety用に繋がっているはずです。たぶん。
以上、アップグレードしたらaptがおかしくなってけど、ファイルの内容を置換しただけで治った話でした。