変更前

~/Library/MobileDevice/Provisioning\ Profiles

変更後

~/Library/Developer/Xcode/UserData/Provisioning\ Profiles

情報源

Fixed: Xcode 16 stores downloaded provisioning profiles in a new location on disk, at ~/Library/Developer/Xcode/UserData/Provisioning Profiles. Xcode will still load previously downloaded profiles from the previous location. (54347894)

自動翻訳すると、

Xcode は、以前にダウンロードしたプロファイルを以前の場所から引き続き読み込みます。

と書かれているらしい。

今までXcodeでダウンロードしたものについては、変更前の場所から引き続きロードするとのことですが、
16以降で扱うファイルは、変更後がスタンダードになると思われるので、CI/CD関連の設定見直しを検討するのが良いかもしれません。