#結論
このサイトに倣えばOKです。
https://qiita.com/murachi1208/items/8be3cd006d31f1f81ee4
コピーしたいインスタンスのAMIから新規インスタンスを作成する、ですね。
#AMIからインスタンス作成後は
コピーしたインスタンスに最初にsshする時の設定（rootユーザのpassなどのsshdの設定変更）、EIPの割り当てが必要でしたが、アプリケーションやモジュールなどの設定は正確にコピーされていました。
手順は以下のサイトをいつも参考にしています。
https://qiita.com/uhooi/items/ab845b06b136e623e51d
#投稿の背景
EC2インスタンスにApacheやTomcat入れてWebサーバ構築した後にバーチャルホストやマルチインスタンスやアプリケーションのデプロイやら。。と手を動かしていたときに初期設定のサーバ何台か欲しいなーけどいちいち最初からアプリやツールインストールするのめんどいなあEC2インスタンスってコピーできないのかな？と思ってググったらあっさり手順が見つかりましたので共有と備忘録です。
・追記
そもそもDockerやAnsible使えばもっと楽に量産できるし、そうあるべきですよね。
この2つのツールは現在勉強中ですので、まとまり次第記事にしようと思います。
#所感（読み飛ばして頂いてOKです
Qiitaでとても良い記事を見つけたときにいいね押したりTwitterで一言添えてツイートするのですが、こういう手元に残したい技術的な手順はどうやってwebに残せばいいのかなーといつも思います。
それをどうやって技術的に解決するか？そして実現するための行動力とは？がWebサービスやアプリケーション作成に必要なんでしょうね。個人サービスリリースしました、みたいな記事を楽しく読んでいるときもそのふたつを文章から感じます。技術の取得と使用にやっきになってる自分にはまだまだ先かな〜。そんなことよりPaasを使用しないデプロイを理解せんとw
エンジニア道は険しいですね。