はじめに

RStudioのDockerコンテナを用意して、knitrを動かすところまでは問題なくできたのだが、knitrBootstrapを動かすところでハマったので、そのときの解決までのメモ

結論

pandocのバージョンが古いバイナリを使っててエラーが出ていた。バイナリファイルに変更すれば解決。

別のRStudioコンテナで問題なく動いてたRmd（knitrBootstrapをYAML指定）のものが、自分で新たに立てたRStudioコンテナだと、エラーが出て、htmlファイルのアウトプット時に以下のエラーが出る。

pandoc: Could not find data file templates/default.html
Error: pandoc document conversion failed with error 97
Execution halted

ひとまずググるとドンピシャのGithubのIsuueがある。
[Pandoc crashes rendering a knitrBootstrap document](https://
github.com/jimhester/knitrBootstrap/issues/64)

RStudioインストール時についてくるpandocが問題（壊れている）とか書いてある。それをリネームして、元のOSにインストールされているpandocをシンボリックリンクすればOKとのこと。

それのとおり、新しいPandocのバイナリファイルをゲットして、それに置き換えてみたところ動いた！

$ pandoc -v
pandoc 1.12.4.2
<snip>

$ pandoc -v
pandoc 1.13.1
<snip>

新しく立てたRStudioコンテナで利用したRStudioのイメージが古かったのか、古いRStudioのバージョンを使っていた模様...。Dockerイメージの管理が甘かった。0.99系なら問題なく動くのかな？

$ cat /usr/lib/rstudio-server/VERSION
0.98.1091

古いバージョンのPandocでもpandoc-templatesをダウンロードして、自分のホームの下に置けばうまくいく。rockerのRStudio Dockerfileでは、そうやってるみたいだけど、これをわざわざしてるのは別の理由があるのかな。

RStudioのイメージファイルが散財していたので、ちゃんとDockerfileで管理しなければ。しかし、ひさびさにdocker buildすると、途中でエラーでて止まるの勘弁してほしい。