事象

RDSを使ってMySQL5.6のreplication設定時にバイナリログの保持期間を変更しようとしたときに
ERROR 1694 (HY000): Cannot modify @@session.sql_log_bin inside a transaction
のエラーにより変更できない

結論

クエリ実行する際に SET AUTOCOMMIT=1の設定をいれる

以下クエリ実行時にエラーが発生しました。

mysql> call mysql.rds_set_configuration('binlog retention hours',24);
ERROR 1694 (HY000): Cannot modify @@session.sql_log_bin inside a transaction

こちらはMySQL5.6のバグになっております。
ので、該当バージョンを使っている以上どうしようもなさそうです。

仕方ないので、手動で変更をしようと試みます。

mysql> SET sql_log_bin = 1;
ERROR 1227 (42000): Access denied; you need (at least one of) the SUPER privilege(s) for this operation

これはRDSで発生します。RDSではrdsadminというユーザがSUPER権限をもっており、
自身で作成したユーザにはSUPER権限が付与できません。

一時的にautocommitを1にすることで回避できました。

> SET AUTOCOMMIT=1;
> call mysql.rds_set_configuration('binlog retention hours',24);
> SET AUTOCOMMIT=0;