PythonでNetCDFの読み書き

NetCDFを扱うときのメモ

ChangeLog

• 2018/07/04　欠損値の指定方法を追記
• 2015/09/04　コメント内容の反映，書き込み方法の追記

読み込み

NetCDFはnetCDF4モジュールで読み込めます．
Githubページからダウンロード＆インストールするか，
MacならAnaconda、WindowsならPython(x,y)等に標準でついてます．

import netCDF4

nc = netCDF4.Dataset('filename.nc', 'r')
dim = len(nc.dimensions['dimname'])
var = nc.variables['varname'][:]

nc.close()

書き込み

import netCDF4
from numpy import dtype

# オブジェクトを作成し，各次元数を設定します．

nc = netCDF4.Dataset('filename.nc', 'w', format='NETCDF3_CLASSIC')
nc.createDimension('ntime', len(time_out))  # e.g. time_out = [0, 1, ...]
# nc.createDimensions('ntime', None)        # unlimitedにする場合
nc.createDimension('xi', x)                 # e.g. x = 10
nc.createDimension('eta', y)                # e.g. y = 10

# その後，各変数を定義します．
# 以下の例では，時間，緯度，経度，3次元変数を定義します．

time = nc.createVariable('time', dtype('int32').char, ('ntime',))
time.long_name = 'time of test variable'
time.units = 'days since 1968-05-23 00:00:00'

lon = nc.createVariable('lon', dtype('double').char, ('eta', 'xi'))
lon.long_name = 'east longitude'
lon.units = 'degree of east longitude'

lat = nc.createVariable('lat', dtype('double').char, ('eta', 'xi'))
lat.long_name = 'north latitude'
lat.units = 'degree of north latitude'

var = nc.createVariable('varname', dtype('double').char, ('ntime', 'eta', 'xi'))
var.long_name = 'test variable'
var.units = 'unit of test variable'

# 最後に，予め np.ndarray 等で作成しておいた値を代入します．

time[:] = time_out
lon[:,:] = lon_out
lat[:,:] = lat_out
var[:,:,:] = var_out

nc.close()

欠損値の指定方法

特定の値を欠損値扱いにしたい場合，変数作成時にfill_valueを設定してやれば良い．

# -999を欠損値とする場合

var = nc.createVariable('varname', dtype('double').char, ('ntime', 'eta', 'xi'), fill_value=-999)

（2018/07/04追記，Thanks @yutabvb）