日本語記事はあまりヒットしなかったので、メモ。
調べたところ、いくつかアプローチはありそうでした。

テスト用のモジュールに組み込んでアプリを起動しe2e的にテストする

function createTestModule(guard) {
  return Test.createTestingModule({
    imports: [AppModule],
    providers: [
      {
        provide: APP_GUARD,
        useValue: guard,
      },
    ],
  }).compile();
}

describe('Guards', () => {
  let app: INestApplication;

  it(`should prevent access (unauthorized)`, async () => {
    app = (await createTestModule(new AuthGuard())).createNestApplication();

    await app.init();
    return request(app.getHttpServer()).get('/hello').expect(401);
  });
});

nestjsのサンプルコードのテストになります。
特にモック等を使うこともなく、一番シンプルな方法だと思います。

複数のGuardsを利用する場合等を考えると、実際にリクエストするという点ではユースケースと合わないテストを書くことになります。モジュールの単体テストにする方がより良いと思います。

リクエストを自力でmockして単体テストする

const mockExecutionContext: Partial<
  Record<
    jest.FunctionPropertyNames<ExecutionContext>,
    jest.MockedFunction<any>
  >
> = {
  switchToHttp: jest.fn().mockReturnValue({
    getRequest: jest.fn(),
    getResponse: jest.fn(),
  }),
};

テスト対象となる canActive() メソッドはbooleanになるためmockに対して何が呼ばれたか期待するテストを書くことになります。

必要なものを必要なだけ毎回自力で作る方法になります。場合によっては冗長になる？

NestJSのテスト用のライブラリを使ってリクエストをmockして単体テストする

import { createMock } from '@golevelup/ts-jest';
import { ExecutionContext, UnauthorizedException } from '@nestjs/common';

import { AuthenticatedGuard } from '@/common/guards';

describe('AuthenticatedGuard', () => {
  describe('canActivate', () => {
    it('should return true when user is authenticated', () => {
      const mockContext = createMock<ExecutionContext>();
      mockContext.switchToHttp().getRequest.mockReturnValue({
        // method attached to `req` instance by Passport lib
        isAuthenticated: () => true,
      });

      const canActivate = authenticatedGuard.canActivate(mockContext);

      expect(canActivate).toBe(true);
    });
  });
});

利用するのは @golevelup/ts-jest で、Guardに渡すcontextをmockします。
自力で書くよりはシンプルに書ける印象です。

NestJS公式のライブラリではありませんが、

A collection of Badass modules and utilities to help you level up your NestJS application.

というだけあり、 https://github.com/golevelup/nestjs の配下に ts-jest の他にも便利そうなライブラリが多くあり興味を持ちました。

実際に利用したもの

3つ目に書いた @golevelup/ts-jest を利用しました。
JWTを検証・デコードした結果をリクエストに入れて後段に渡したりする場合、1つ目の方法だとセットしたことをテストできません。
また自力でリクエストのmockを書くのもの辛かったため、3つ目の方法を採用しました。

どれにするかは実装やケースによると思いますが、参考になれば。