検証内容のおさらい

UnityEngine.Objectでは等値演算子==(及び非等値演算子!=)がオーバーロードされている
オーバーロードされた等値演算子ではObject.CompareBaseObjectsメソッドに判定処理を委譲している

public static bool operator ==(Object x, Object y) => Object.CompareBaseObjects(x, y);

public static bool operator !=(Object x, Object y) => !Object.CompareBaseObjects(x, y);

Object.CompareBaseObjectsメソッド内では純粋なnullチェックやInstanceIDの等値判定に加えて、渡されたオブジェクトが「破棄」されていないか(Unityフレームワーク上で生存しているか)をチェックするObject.IsNativeObjectAliveメソッドが実行されている
Destroy実行前後で、検証対象メソッドの戻り値は以下のように変化した(UnityEngine.Objectに生えている静的な非公開メソッド)

	IsNativeObjectAlive	DoesObjectWithInstanceIDExist	GetCachedPtr
破棄前	true	true	インスタンス固有の値
破棄後	false	false	0

nullチェックの記法

インスタンスがnullでないことを確認する書き方はいくつかあります。

// 1. 標準的なnullチェックの書き方
if (sampleMonoBehaviour != null)
{
}

// 2. UnityEngine.Object→boolへの暗黙的な型変換が定義されているため、こう書いても1と同じ意味
if (sampleMonoBehaviour)
{
}

// 3. C# 7.0で導入された「is」と、C# 9.0で導入された「not」を使ったnullチェック
// これは1と2とは挙動が異なる
if (sampleMonoBehaviour is not null)
{
}

1番目の書き方は最も一般的なnullチェックの書き方だと思います。
これがどのような挙動を示すかは、記事(1)と(2)で検証し、この記事のおさらいにも書きました。
2番目は記事(1)の余談でも触れましたが、暗黙的な型変換演算子がオーバーロードされているために許容される記述です。

問題は3番目の書き方です。
これは、C# 7.0で導入されたパターンマッチングという文法でis演算子の拡張(元々isは型の一致判定を行う用途などに使われていた)が行われたことによって実現できるようになった記述です。
この場合null「でない」ことをチェックしているため、is notのように書いていますが、notがこの形で使えるようになったのはC# 9.0以降でそれ以前は!(A is null)のように記述していました。
直感的には1番と3番は同じ意味に見えますが、is演算子は等値演算子==と異なりユーザがオーバーロードした演算子を考慮しません。
つまり、isは「その変数に本当にnullが代入されているか」を確認します。
この挙動は使用している多くの型が等値演算子をオーバーロードするUnityEngine.Objectを継承しているUnityの場合だと大きく問題になります。
以下のようなテストコードを書いて見ます。

SampleTest.cs

using System.Collections;
using UnityEngine;

public class SampleTest : MonoBehaviour
{
    private IEnumerator Start()
    {
        SampleMonoBehaviour sampleMonoBehaviour = gameObject.AddComponent<SampleMonoBehaviour>();

        Debug.Log("Destroy前");
        Debug.Log($"{nameof(sampleMonoBehaviour)} == null: {sampleMonoBehaviour == null}");
        Debug.Log($"{nameof(sampleMonoBehaviour)} is null: {sampleMonoBehaviour is null}");

        Destroy(sampleMonoBehaviour);
        // 1フレーム待つ
        yield return null;

        Debug.Log("Destroy後");
        Debug.Log($"{nameof(sampleMonoBehaviour)} == null: {sampleMonoBehaviour == null}");
        Debug.Log($"{nameof(sampleMonoBehaviour)} is null: {sampleMonoBehaviour is null}");
    }
}

実行結果は以下のようになります。

このように、「破棄」されているかの判定を実装している==を無視することで、破棄後も破棄されたインスタンス is nullがfalseを返してしまうことが確認できました。
このため、UnityEngine.Objectに対するnullチェック(および破棄判定)はisは用いないほうが良さそうです。