nextflowではworkというディレクトリの中にさらに細かく(プロセス単位で)作業ディレクトリが作成される。
このpathは$PWDを使うことで取得できる。
この時\をつけるのをお忘れなく。

test.nf

process whereAmI {
    echo true
    """
    echo \$PWD
    echo $PWD
    """
}

実行してみると

$ nextflow test.nf

/path/to/main/nf/work/86/e00b708..............
/path/to/main/nf/

おめでとうございます🎉
上段の\$PWDの方ではきちんとpathの取得ができましたね🌟