Rubyで1桁、2桁、3桁の整数の0埋めの方法を（2通り)の方法でプログラムを作成いたしました。

1通り目はsprintf関数を使う方法です。C言語を知っている方ならこちらでプログラムを書くと思います。

# sprintf関数を使う方法

puts '0から999までの整数を入力してください'
n = gets.to_i

puts '0で埋めて表示してください'
puts sprintf('%03d', n)

2通り目

# 数値を入力します
N = gets.to_i
# 数値を文字列に変換します
S = N.to_s
# Sのもじれつの長さを調べます
len = S.length
# 文字列の長さが1,2,3でif文を作ります
if len == 3
   puts S
elsif  len == 2
   puts "0" + S
else
   puts "00" + S
end

どちらでプログラムを作成しても良いでしょう。