winMergeU.exe "%dirA%" "%dirB%" -minimize -noninteractive -noprefs -cfg Settings/ShowIdentical=0 -cfg Settings/DirViewExpandSubdirs=1 -cfg ReportFiles/ReportType=2 -cfg ReportFiles/IncludeFileCmpReport=1 -r -u -or diff.html

-minimize
　→ウインドウを出さない
-noninteractive
　→処理が終わればWinMergeも終了
-noprefs
　→レジストリの読み書きをしません
-cfg Settings/ShowIdentical=0
　→一致するときはスキップ
-cfg Settings/DirViewExpandSubdirs=1
　→サブディレクトリを展開する
-cfg ReportFiles/ReportType=2
　→リポートはhtmlで(0:CSV、1:TSV、2:HTML、3:XML)
-cfg ReportFiles/IncludeFileCmpReport=1
　→ファイルの差分の中身を出す
-r
　→再帰する
-u
　→?
-or
　→reportのファイルパス

参考