ffmpegを使って映像と音声を結合して一つの動画ファイルにするには、次のようなコマンドを実行します。
ffmpeg -i video.mp4 -i audio.wav -c:v copy -c:a aac -map 0:v:0 -map 1:a:0 output.mp4
ポイントは-c:v copyを指定して動画を再エンコードしないようにしていることと、-map 0:v:0 -map 1:a:0を指定して元の動画ファイルに音声トラックが含まれている場合でも確実に音声ファイルの音声トラックを利用するようにしているところです。
元の動画ファイルに音声が含まれていないのであれば、-mapの指定はなくても良いです。