WebStormでES6仕様で記述したJavaScriptファイルを作成した際、
File watcher 'Babel' is available for this file. Description: 'Transpiles ECMAScript 6 code to ECMAScript 5'
などと表示された場合の、Windows環境での対応です。
Mac環境ではhkusuさんが
ES6 で書く環境を作る（WebStorm + Babel 編）
で書かれてますのでそちらを。
Windowsでもほとんどかわりませんが一応メモとして残します。
#前提環境
OS：Windows7
Babel：6.5.2
WebStorm：2016.2.1
npm：3.10.3
#手順
Babel(cli)をグローバルインストール
npm install babel-cli -g
WebStormのメニューバーから[File]-[Settings...]を選択。
表示されたダイアログの左側部分で[Tools]-[File Watchers]を選択し、ダイアログ右上の「＋」ボタンを押して[Babel]を選択。
さらに表示されたダイアログで、私の場合はそのままで[OK]ボタンを押して完了でした。
[Program]の部分が指定されていなければ、
C:\Users\[ユーザ名]\AppData\Roaming\npm\babel.cmd
を指定すればよいと思います。