結論から先にはなすと、Karabiner-Elementsが原因の可能性が高いです。
Karabiner-ElementsでCommandキーを利用した、かな変換などの設定を行なっている場合、MojaveだとCommand + クリックで別タブが開かない現象が発生するようです。
別タブで開かない現象はKarabiner-Elementsの設定ファイルを編集することで解決できます。
設定ファイルに記載されているcommandキーに関する項目のうち、"lazy": trueとなっている部分をfalseに変更します。
なお、Karabiner-Elementsの設定は~/.config/karabiner/karabiner.jsonに保存されています。
自分の場合はCommandキーで英語とかなのトグル操作を行うようにしていたので、該当部分の設定を変更しました。
