※Slackのメッセージを一括削除する機能は公式では無くなってしまったようです。
普通に知られていることなのかもしれないけれど、
https://twitter.com/slackhq/status/467182697979588608
Slackのメッセージを一括削除するのは
https://チーム名.slack.com/archives
または
https://my.slack.com/archives
のチャンネル一覧から該当のチャンネルを選ぶと右下に「Delete messages... 」の項目があるので、そこをクリックすると削除するメッセージを一括で指定できる。
大量だとちょっと時間がかかるので、いっその事チャンネルごと削除して、
同名のチャンネルを作り直したらいいんじゃないかとやってみたら、表示のたびに
同名のチャンネルが新旧２つ表示されたり、１表示だけになったりと挙動がおかしくなった。
2017/4/28 今もう一度、試してみたら、新旧２つ表示されてしまう問題はなくなっていた。
でも、大量にメッセージが入ったチャンネルの削除はしてみてないので、メッセージを一括削除の方法として大丈夫かは不明。
一括削除機能は廃止になったようです。（2017年６月以降？）
https://twitter.com/SlackHQ/status/877893584577540096
今後、有償プランで一括削除ができるようになるかもしれないみたいです。
それまでは、ググると色々見つかる削除ツール等を使うしかないかも。