System_SSH_Agent
が psr-0 のディレクトリ構成になっていないので composer から入れるとオートロードされない(クラス名の区切りがディレクトリ区切りになっていない)。
include-path が通っているので require_once で明示的に読みこめば大丈夫。
<?php
require_once 'vendor/autoload.php';
require_once 'System/SSH_Agent.php';
$agent = new System_SSH_Agent();
$ssh = new Net_SSH2('example.net');
if (!$ssh->login('your', $agent))
{
exit('Login Failed');
}
echo $ssh->exec('pwd');
echo $ssh->exec('ls -la');