rpm でインストールしたときに配置されるファイルには幾つか種類があり、特に「設定ファイル」は、アップデートしたときに元の内容から編集されていた場合は編集されたファイルが維持される、という特徴があります（rpm に含まれていた最新の設定ファイルは .rpmnew みたいなサフィックスが付いて保存されたと思います）。

設定ファイルの一覧は rpm -qlc <package> で表示できます、例えば次のようにです。

rpm -qlc httpd

/etc/httpd/conf.d/autoindex.conf
/etc/httpd/conf.d/userdir.conf
/etc/httpd/conf.d/welcome.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/00-base.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/00-dav.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/00-lua.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/00-mpm.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/00-proxy.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/00-systemd.conf
/etc/httpd/conf.modules.d/01-cgi.conf
/etc/httpd/conf/httpd.conf
/etc/httpd/conf/magic
/etc/logrotate.d/httpd
/etc/sysconfig/htcacheclean
/etc/sysconfig/httpd

この一覧に含まれないファイルは編集してもアップデートで上書きされてしまうので、編集するべきではありません。

また、この一覧に含まれる、いわゆる設定ファイルも、ファイルを削除するとアップデートで復元してしまうため、いらないときは削除するのではなく、下記のように中身を空にするべきです。

リダイレクトでファイルの内容を空にする

> /etc/httpd/conf.d/autoindex.conf
> /etc/httpd/conf.d/userdir.conf
> /etc/httpd/conf.d/welcome.conf