その通りです。
rootでやんじゃねーよ。ってそのとおりなんです。

でも全く環境設定をしていないので、
今だけ許して、いまだけ。。。
（´・ω...:.;::..（´・;::: .:.;: ｻﾗｻﾗ.

ということで以下のようなエラーが出ました。

# bundle exec bower install
bower ESUDO Cannot be run with sudo

本番運用だったら切れられてもおかしくないことですが、
まあそんなことは置いといて、

# cd $RAILS_ROOT  ### railsを使用しているため、プロジェクトパスへ移動しているとします。
# cat .bowerrc
{ "allow_root": true }

いざゆかん！

# bundle exec bower install
[snip]
eventemitter2#0.4.14 bower_components/eventemitter2

d3#3.5.0 bower_components/d3

行けたっぽい。

ユーザ設計はしっかりやりましょう。
という基本的な話は置いといて、とりあえず出来ました。