今回はmongodbのpidファイルだが、他も多分同じように消える。
→ubuntu の tmpfs (temporary file system)

再起動すると、mongodbのpidファイルが置いてある/var/run/mongodbのmongodbディレクトリが消える。その対処。

/var/run -> /run
というようにシンボリックリンクになっているので、mongodbディレクトリを作成して、シンボリックリンク貼れば行けるかと思ったが、できなかった。
ので、start up scriptを作成。

pid_dir.sh

# !/bin/sh
mkdir -p /var/run/mongodb
cd /var/run
sudo chown -R mongodb:mongodb mongodb/

実行権限与える。 chmod u+x pid_dir.sh

これをcronでreboot時に実行されるようにする。

sudo crontab -e


# Edit this file to introduce tasks to be run by cron.
#
# Each task to run has to be defined through a single line
# indicating with different fields when the task will be run
# and what command to run for the task
#
# To define the time you can provide concrete values for
# minute (m), hour (h), day of month (dom), month (mon),
# and day of week (dow) or use '*' in these fields (for 'any').#
# Notice that tasks will be started based on the cron's system
# daemon's notion of time and timezones.
#
# Output of the crontab jobs (including errors) is sent through
# email to the user the crontab file belongs to (unless redirected).
#
# For example, you can run a backup of all your user accounts
# at 5 a.m every week with:
# 0 5 * * 1 tar -zcf /var/backups/home.tgz /home/
#
# For more information see the manual pages of crontab(5) and cron(8)
#
# m h  dom mon dow   command

@reboot /home/ubuntu/bin/pid_dir.sh

他にいい方法あったら教えてください！