勝手にベンダープレフィックスがつく

emmet、つかってますか？
flexbox、つかってますか？
私は使ってます。

ある日、dfで展開しようとして

display: -webkit-flex;
display: -ms-flex;
display: flex;

みたいになってイライラしてました。
これからはね、Autoprefixerの時代だからね、こんなもの勝手につけなくていいの。

Autoprefixerについては下記。
CSSベンダープレフィックス-webkit-を今この瞬間に辞める為のAutoprefixerの導入とお薦め設定

解決方法

ホームディレクトリ（Macintosh HD/ユーザ/ ）に
emmetというフォルダをつくって、その中にpreferences.jsonというフォルダを作る。
これは、Atomのemmetが標準でここのファイルを読み込むようになってて、ユーザーは元ファイルをいじらなくてもここにファイルを自作しておけば設定を上塗りしてくれるんです。

中身は以下の通り

preferences.json

{
  "css.autoInsertVendorPrefixes": false,
  "less.autoInsertVendorPrefixes": false,
  "scss.autoInsertVendorPrefixes": false,
  "sass.autoInsertVendorPrefixes": false,
  "caniuse.enabled": false
}

あとはAtomを再起動すればおっけーです。

"caniuse.vendor":falseを書いちゃうと挿入機能がうまく無効化してくれない場合があるので
上記のようにするといいと思います。