どうやったけ？とたまに忘れので...(^^;
マイグレーションはモジュールとパッケージもサポートします。oil コマンドで、すべてをマイグレートしたり、特定のモジュールやパッケージのみを指定することができます。 モジュールやパッケージを指定した場合に、アプリケーションのマイグレーションも含めたい場合は、 '--default' を指定します。
$ php oil refine migrate --modules="モジュール名"
$ php oil refine migrate --packages="パッケージ名"