サブモジュールのあるリポジトリでサブモジュールをcloneしてくる場合は以下の様なコマンドを打つかと思います。

git submodule update --init

ただ、権限不足等で途中で失敗し、権限不足を解消してもう一度上記のコマンドを打ってもcloneしてくれないことがあります。

そんなときは、以下のコマンドを打つと解消されることがあります。

git pull --recurse-submodules
git submodule foreach --recursive git reset --hard