タイトルのまんまだが、
Gitにファイルが読み込まれないときはその配下ディレクトリに".git"フォルダがあるかも！
そもそも .gitのディレクトリ配下の、ファイル・ディレクトリを管理することができる。
Project
┣.git ←(A)
┣ABC.txt
┗example_folder
┣.git ←(B)
┗XYZ.txt
上記の図だと (A).gitでは、ABC.txtとexmaple_folderディレクトリ自体は管理できる。
exmaple_folderディレクトリ配下のファイルは管理できない。
(B).gitではXYZ.txtを管理できる。
(A).gitでXYZ.txtを管理するときは、②.gitを削除すれば良い。
単純なことだが、苦労した。脳みそ使ってないのかな？
説明適当だけど、わかりますかね？