利用していてこれ罠だなーって思ったことをちらほらと。
まだ無料期間内なので危ないなぁと思う内容があれば書き足していきます。
最低限ここは確認しましょう。

固定IPを開放し忘れて課金発生

起動毎でIPが変わってだるい → ElasticIPを導入 → インスタンス停止時に開放し忘れて放置 → 課金発生
上記がよくあるパターン。
インスタンスを停止してElasticIPが不要な状態の時は必ず開放をする。

違うリージョンにインスタンスを作っていて課金発生

管理画面で表示される起動してるインスタンスなどの合計値は同リージョンの情報。
違うリージョンの情報は表示されないので見落としがち。
CLIの設定不足で違うリージョンにインスタンスを作成してしまって気づかないパターンとかがよくあるかも。

ここ見てれば課金発生はないと思うけど、調べてみると意外と多いようなので。
起動時間は複数のインスタンスの合計値。
3つ作って3つとも24時間稼働したら72時間とみなされます。
ちなみに時間のカウントはインスタンスの削除ではなく停止でストップします。