[結論] WP4.4で解消された模様なのでバージョアップすればOK。
WordPress › フォーラム » IE11とTinyMCEとの相性 https://ja.forums.wordpress.org/topic/156974

バージョンアップ以外の対処方法は下記を参照。
WordPress › フォーラム » TinyMCE Advanced リンクの挿入が出来ない https://ja.forums.wordpress.org/topic/31124

コアを書き換えるとWPのアップデートで上書きされてしまうので下記のスニペットで対応した方が良いかな。

// 管理画面のヘッダにX-UA-Compatibleの指定を追加
function add_xua_admin_head() {
	echo "\n".’<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=8, chrome=1">'."\n";
}
add_action( 'admin_head', 'add_xua_admin_head' );