fgetcsv()だと色々問題が起きたり起きなかったりです。
なので、こちらに書いてあるスクリプトを利用させていただくことが多いです。
http://yossy.iimp.jp/wp/?p=56

なくなると困るのでここにも転載しておきます。

fgetcsv_reg.php

<?php
    /**
     * ファイルポインタから行を取得し、CSVフィールドを処理する
     * @param resource handle
     * @param int length
     * @param string delimiter
     * @param string enclosure
     * @return ファイルの終端に達した場合を含み、エラー時にFALSEを返します。
     */
    function fgetcsv_reg (&$handle, $length = null, $d = ',', $e = '"') {
        $eof = false;
        $d = preg_quote($d);
        $e = preg_quote($e);
        $_line = "";
        while (($eof != true)and(!feof($handle))) {
            $_line .= (empty($length) ? fgets($handle) : fgets($handle, $length));
            $itemcnt = preg_match_all('/'.$e.'/', $_line, $dummy);
            if ($itemcnt % 2 == 0) $eof = true;
        }
        $_csv_line = preg_replace('/(?:\\r\\n|[\\r\\n])?$/', $d, trim($_line));
        $_csv_pattern = '/('.$e.'[^'.$e.']*(?:'.$e.$e.'[^'.$e.']*)*'.$e.'|[^'.$d.']*)'.$d.'/';
        preg_match_all($_csv_pattern, $_csv_line, $_csv_matches);
        $_csv_data = $_csv_matches[1];
        for($_csv_i=0;$_csv_i<count($_csv_data);$_csv_i++){
            $_csv_data[$_csv_i]=preg_replace('/^'.$e.'(.*)'.$e.'$/s','$1',$_csv_data[$_csv_i]);
            $_csv_data[$_csv_i]=str_replace($e.$e, $e, $_csv_data[$_csv_i]);
        }
        return empty($_line) ? false : $_csv_data;
    }
?>