結論

記事の内容は正しくなかったようなので、修正しました。

検証の結果わかったことは、

船の入手イベントはフラグが 0 → 1 → 3 と推移し、通常プレイでは 2 にならない
フラグ 2 はフラグ 3 と同じ状況

フラグ (カッコ内は2進数)	状況
0 (00)	何もしていない
1 (01)	女の子を助けた
2 (10)	船をもらった
3 (11)	船をもらった

フラグ 2 と 3 が同じ状況というのは違和感があります。もしかしたら、発見できなかった違いなどがあるのかもしれません。

ご指摘前の私の解釈（正しくない）

ルプガナの街における、船の入手イベントについて、

船入手イベントのフラグは 00, 01, 10, 11 の 2 bit で表現される。すなわち、10進数でいうと 0 ～ 3 の 4 状態がある
それぞれは次のように対応している

フラグ (カッコ内は2進数)	状況
0 (00)	何もしていない
1 (01)	女の子を助けた
2 (10)	船をもらった
3 (11)	---

フラグが 3 のときは不正な状態であり、仮にそのじゅもんを作成できたとしても、「じゅもんがちがいます」と表示される

本当に上記のフラグが正しいのか、実際に確認してみました。

検証方法

Pythonプログラムを使い、じゅもんの生成・解析を行います。
ドラクエ2 ステータス→じゅもん
 ドラクエ2 じゅもん→ステータス

キャラのステータスは以下の通り。

不正な呪文です
ローレシア　なまえ　 ゆうてい
ローレシア　どうぐ　 ['ロトのつるぎ(E)', 'ロトのよろい(E)', 'ぎんのかぎ', 'きんのかぎ', 'かぜのマント(E)']
ローレシア　経験値　 1000000
サマルトリア王子が　 仲間になっている
サマルトリアなまえ　 クッキー
サマルトリアどうぐ　 []
サマルトリア経験値　 1000000
ムーンブルク王女が　 仲間になっている
ムーンブルクなまえ　 マリア　
ムーンブルクどうぐ　 []
ムーンブルク経験値　 1000000
ゴールド　　　　　　 65535
復活場所　　　　　　 ムーンペタ
月のかけらを　　　　 使っていない
テパの村の水門を　　 開けていない
みずのはごろもを　　 織ってもらっていない
船のフラグ　　　　　 何もしていない ← 今回の検証内容
サマル王子探索フラグ 見つけた
命の紋章　　　　　　 なし
水の紋章　　　　　　 なし
月の紋章　　　　　　 なし
星の紋章　　　　　　 なし
太陽の紋章　　　　　 なし
パターン　　　　　　 0

ドラクエの25周年記念に Wii ソフトとして販売された移植版のDQ2で検証しています。ファミコン版と同等の内容のはずです。

結果

フラグ 0 でスタート

ルプガナ初訪問時、フラグは0です。

女の子がグレムリンに襲われている
船は未入手

[使用呪文]
ぱゆれ  ろねけ  きみめと
にとよ  しちく  ごるめら
くらぶ  まやに  ぽとぬち
て

グレムリンを倒した。フラグは 1 に。

グレムリンに襲われている女の子を助けることで、フラグが一つ進みました。
下の画像は、一度ゲームをやめ、再びルプガナの街に戻ってきた状態です。

女の子と、そのおじいさんのセリフが変わる
船は未入手

[この状態で聞ける呪文]
ぱゆれ  ろねけ  きみめと
にとよ  しちく  ごるめら
くらぶ  まやに  ぽとぬち
て

船を入手した。フラグは 3 に。

女の子を助けたお礼に、おじいさんから船をもらえます。

女の子とおじいさんのセリフは、フラグ 1 のときと同じ
ルーラをすると、船も一緒についてくる状態

[この状態で聞ける呪文]
ぱゆれ  ろねけ  きみめと
にとよ  しちく  ごるめら
くらぶ  まやに  ぽとぬち
て

フラグ 2 がない？

以上から、フラグ 2 を経由していないことが分かります。
フラグ 1 → 3 に移る過程で、2bit目（2進数の右から2ケタ目）しか変化していないので、次のような仮説が立てられそうです。

【仮説】
フラグの 1 bit目は、女の子を助けたかどうか
フラグの 2 bit目は、船を入手したかどうか
をそれぞれ表す

つまり、「女の子を助けたかどうか」と「船を入手したかどうか」が別のフラグで管理されているという説です。

この仮説が正しければ、フラグが 2 (10) のときは、「女の子はまだ助けていない」かつ「船は入手済み」という、通常プレイではありえない状態になるはずです。
すなわち、フラグが 2 となる呪文を入力すると、不正な状態とみなされ、「じゅもんがちがいます」と表示されることが予想されます。

フラグ 2 で試してみる

呪文作成プログラムで、フラグを 2 とした呪文を作りました。

[使用呪文]
めこせ  せべれ  らぺいじ
ずにら  したか  ぎゆへむ
あまげ  なのこ  じかくあ
い

入力してみます。

通りました。

状況を確認すると、

グレムリンは既に倒されている
船は入手済み

これはフラグが3のときと同じ状態です。
すなわち、女の子を助けた後の状態でしたので、仮説は正しくなかったようです。

まとめ

船の入手イベントはフラグが 0 → 1 → 3 と推移し、通常プレイでは 2 にならない
フラグ 2 はフラグ 3 と同じ状況

もしお詳しい方がいれば、コメントいただけると幸いです。

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