XamarinStudioでソリューションのコードフォーマッティングをカスタムして保存しても次開き直した時には全て元に戻って全く反映されなくなることがあって、その対処法が分かったのでメモしておきます。
XamarinStudio全体の設定とソリューションの設定
XamarinStudioのPriferencesでの設定は新規作成の時に適用されるもので、ここを変えても既にあるソリューションの設定は変わりません。既存ソリューションの設定を変えるにはソリューションのオプションの方の設定を変えます。
…のはずなんですがコードフォーマッティングの設定は何故か反映されなくなることがあるみたいで（発生条件は不明）、そうなると何回設定を変えても反映されることがなくなってしまいます。
解決方法
ソリューションファイル（.sln）をテキストエディタで開いて
GlobalSection(MonoDevelopProperties) = preSolution
から
EndGlobalSection
までを丸ごと削除して保存
それで開き直すと一旦XamarinStudio全体の設定でリセットされて、またソリューション個別の設定も保存できるようになりました。
※ソリューションファイルを編集する前には必ずバックアップを。